У грі Велика Війна Префектур ти потрапляєш в Японію. Уряд цієї держави прийняв рішення розділити країну на невеликі адміністративні одиниці – префектури. Але нічого хорошого з цього не вийшло. Тому що кожен з командувачів тієї чи іншої префектури вирішив завоювати іншу частину імперії. Таким чином, почалася війна.
Гра починається з того, що перед тобою стоїть вибір – якої з префектур віддати перевагу. Це означає, що тобі потрібно відразу ж вирішити, за кого ти будеш воювати. Зробивши вибір, потрібно спрямувати всі свої сили на зміцнення ввіреній тобі території. Тут же потрібно створити потужну армію, щоб боронити свої землі і захоплювати сусідні.
.